Kościół zbudowano w XIV wieku, była przy nim szkoła parafialna, która działała aż do XVIII wieku. Wieś Łajsy jest bardzo istotna dla całego województwa warmińsko mazurskiego z niej bowiem pochodzi Jan z Łajs, założyciel Olsztyna. Wzmianka o pierwszym proboszczu Parafii p.w. św. Mikołaja pochodzi z 1315 roku. Obecna budowla kościoła zachowała w dolnej partii widoczne gotyckie partie muru z kamienia i cegły. Obecna wieża zakończona cebulowym hełmem pochodzi z czasów baroku. Z tego tez okresu pochodził główny ołtarz, którego głównym przedstawieniem był św. Jan Nepomucen.. W latach 1905-1909 dokonano gruntownej przebudowy, podwyższono o 5 metrów wieżę, dobudowano prezbiterium
o neogotyckim sklepieniu gwiaździstym i zakrystię, zamurowano pierwotne ostrołukowe wejście w południowej ścianie kościoła. Wyposażenie kościoła jest neobarokowe i neogotyckie, prawdopodobnie pochodzi z warsztatu Karola Jaroszewicza, pochodzącego z Ornety. Zachowały się trzy średniowieczne chrzcielnice z granitu oraz dzwon z 1491 roku.